描述

多重长片段PCR打断建库技术应用于QTL精细定位，对少量近等基因系样本进行较大区间（50-200kb）的序列分析，解决加密标记无法找到多态性标记的问题，可对目标区域内的候选基因进行序列分析，挖掘功能SNP，为开发功能分子标记提供支持。而直接一代测序成本相对较高，现有的高通量序列分析技术（扩增子测序、液相捕获等）对50-200kb区间的重测序时由于样本量通常比较小，平均到每个样本的成本也相对较高。为了解决这一问题，上海翼和生物基于多重PCR捕获技术，自主研发了长片段PCR打断建库技术，很大程度上降低了对50-200kb目标区间捕获建库的成本。

适用客户

农口动植物遗传学研究的单位

应用方向

QTL精细定位区间，少量样本的较大区间重测序

技术原理

上海翼和生物基于自主知识产权的多重PCR捕获技术，针对较大目标区间，自主研发了多重长片段PCR打断建库技术。50-200kb的目标区间常规多重PCR捕获建库需要250重-1000重扩增反应，引物费用昂贵。多重长片段PCR打断建库技术，单个扩增区间为3kb，有效区间为2.5kb，0.5kb的片段是为了满足扩增片段的重叠，保证整体覆盖度。50-200kb区间只需要合成的引物降低为20对-80对，降低了捕获建库的成本。多重长片段PCR捕获目标片段以后，进行超声打断，并建立DNA文库，在主流二代测序平台Illumina X10上机测序，数据下机之后通过生信分析，获取目标区间核苷酸变异信息。

技术路线

翼和特色

翼和首创将多重PCR技术与长片段PCR打断NGS建库技术结合；

每个片段有效长度为2.5kb，适用区间50kb-200kb、少量样本重测序；

覆盖度80%；

平均测序深度1000×，最低30×；